Qui, nel 1543 fonda a Pisa l'Orto dei semplici, il primo orto botanico universitario del mondo (del giardino originario ispirato agli orti officinali conventuali, non rimangono più tracce).
Nel dicembre del 1545 fonda quindi l'Orto botanico di Firenze.
Sono, assieme a quello di Padova, i primi orti botanici universitari del mondo, utilizzati come sussidio didattico e per la ricerca.
Tutte le opere di Ghini, gli erbari e i disegni sono andati perduti, ci
rimane solo quanto riportato da alcuni suoi allievi come il Maranta,
l'Anguillara, Andrea Cesalpino, ma soprattutto Ulisse Aldrovandi (1519-1605), fondatore dell'Orto botanico di Bologna, che ci ha lasciato gli appunti delle lezioni del Ghini.